Les missions en Huronie
Lieu historique national Cartier-Brébeuf
Parallèlement, en juillet 1634, Jean de Brébeuf fut envoyé par le père Lejeune en Huronie pour y implanter une mission. Il devint supérieur de la mission Saint-Joseph I, près de Toanché, (village où il passa 3 ans, de 1626 à 1629). Après une période plutôt satisfaisante d'évangélisation, il se heurta à une résistance obstinée et croissante de la part des Hurons autour de 1637. Selon Brébeuf, trois facteurs expliquaient ce refus : leur attachement à leurs coutumes, leur immoralité et les épidémies. Effectivement, avec le contact prolongé entre Amérindiens et Européens, plusieurs maladies du Vieux Continent décimèrent une partie de la population autochtone.
En 1638, Brébeuf fonda une nouvelle mission, Saint-Joseph II, à Téanaostaiaé. Après une nouvelle épidémie de petite vérole, la rage des Hurons fut encore plus intense et toutes sortes de violences (verbale et physique) furent commises. Plusieurs convertis renièrent leur nouvelle foi. Au printemps 1640, le mécontentement se transforma en soulèvement et les Jésuites furent attaqués : Pierre Boucher fut blessé au bras, alors que Brébeuf et Chaumonot furent battus. Au mois de mai, l'agitation des Hurons poussa Lalemant à retourner à Québec.
À l'automne de la même année, les missionnaires décidèrent d'aller ouvrir deux nouvelles missions : une chez les Algonquins et une autre chez les Neutres. Brébeuf et Chaumonot partirent vers le nord du lac Érié afin de tenter de convertir les Neutres. Les missionnaires furent précédés par des Hurons qui firent circuler des rumeurs au sujet des Robes noires . La région traversée fut très hostile et partout où ils allaient, on les repoussait et on les injuriait. Ce fut cinq mois infructueux. Au printemps 1641, au retour de la mission, Brébeuf se fractura la clavicule gauche en traversant un lac gelé. Il fut alors renvoyé à Québec.
Là-bas, Brébeuf devait organiser les expéditions subvenant aux besoins des missionnaires (papier, livres, objets de culte, nourriture…). En plus d'être procurateur, il devait s'occuper de six jeunes Hurons dont il avait le tutorat. Il était aussi confesseur et conseiller spirituel des sœurs Ursulines et Hospitalières. En 1642 et 1643, les convois qu'il envoya vers la Huronie furent détournés 3 fois par des Iroquois. Le conflit Iroquois/Hurons s'envenimait à tel point qu'il était de moins en moins sécuritaire de faire le voyage Québec-Huronie. D'ailleurs, vers 1647, les Hurons ne descendent plus vers Québec. À cette époque, les Hollandais armaient les Iroquois avec des fusils : ils harcelaient ainsi les Français et leurs alliés pour qu'ils renoncent à la colonie.
Autour des années 1640, les temps étaient durs pour les missionnaires : la situation entre Hurons et Iroquois se dégradait toujours et les religieux n'étaient plus en sécurité. En 1642, Isaac Jogues, René Goupil et Guillaume Couture sont capturés par les Iroquois. En 1644, le père Bressani est enlevé, torturé, puis rançonné par les Hollandais. Jogues est retrouvé mort deux ans plus tard. En 1644, Brébeuf est renvoyé en Huronie. Le 4 juillet 1648, les Iroquois, profitant de l'absence de plusieurs Hurons partis commercer, attaquèrent les villages de Saint-Joseph et de Saint-Michel. Ils firent 700 prisonniers et le père Antoine Daniel fut criblé de flèches. Le 16 mars 1649, plus de 1 000 Iroquois attaquèrent le village de Saint-Ignace (Taenhatentaron), puis celui de Saint-Louis, où se trouvaient Brébeuf et Lalemant. On leur donna l'option de s'enfuir, mais ils préférèrent rester et subir le sort de leurs fidèles. Ils furent capturés et ramenés à Saint-Ignace. Là-bas, ils furent accueillis par des roches et des insultes. Le détail du supplice du père Jean de Brébeuf nous a été rapporté par Christophe Regnault, qui observa et toucha les restes du religieux.
La Fédération huronne se disloqua ensuite et plusieurs Hurons s'enfuirent vers d'autres nations (Neutres, Ériés, Algonquins). Le 14 juin 1649, les Jésuites mirent le feu à la résidence de Sainte-Marie-des-Hurons et s'en allèrent avec environ 300 Hurons sur l'île Saint-Joseph, située dans le lac Huron. Rapidement, la situation se détériora à cause de la famine, des maladies et des attaques continuelles des Iroquois. Le 10 juin 1650, les Hurons et les Jésuites partirent en direction de Québec. En 1651, les survivants Hurons s'installèrent sur l'île d'Orléans. Rapidement, leur nombre monta à 600 sous la direction du père Chaumonot.
Jean de Brébeuf et 7 autres Jésuites furent canonisés en 1930 par le pape Pie XI; ce sont les Saint-Martyrs du Canada (ou martyrs canadiens) dont la fête est le 19 octobre. Ils sont tous morts pour la foi chrétienne lors de la guerre Hurons-Iroquois. Ce sont saint René Goupil (1642), saint Isaac Jogues (1646), saint Jean de Brébeuf (1649), saint Noël Chabanel (1649), saint Antoine Daniel (1649), saint Charles Garnier (1649), saint Jean de Lalande (1649) et saint Gabriel Lalemant (1649).
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